No início existia apenas o caos, e deste caos surgiu um ovo e dele nasceu Arceus, assim que nasceu Arceus criou Mew para ajudá-lo na criação dos Pokémon logo após criou três pokémons: Dialga responsável por criar e controlar o tempo, Palkia que controla o espaço, Giratina que teria o dever de ajudar Dialga e Palkia em suas tarefas.
Após a criação dos quatros pokémons Arceu criou Azelf, Uxie e Mesprit que foram incumbidos da tarefa de criarem e darem características ao ser humano, Azelf deu a força, Mesprit deu emoções e Uxie deu sabedoria. Arceus criou ainda Groundon para ser o guardião da terra, Kyogre para ser da água e Rayquaza para ser do céu.
Após a criação dos quatros pokémons Arceu criou Azelf, Uxie e Mesprit que foram incumbidos da tarefa de criarem e darem características ao ser humano, Azelf deu a força, Mesprit deu emoções e Uxie deu sabedoria. Arceus criou ainda Groundon para ser o guardião da terra, Kyogre para ser da água e Rayquaza para ser do céu.
Kyogre e Groundon entraram em guerra, Rayquaza tentou acabar com essa guerra mas não conseguiu, Arceus criou então Regirock, Regice e Registeel para acabar com a luta entre Kyogre e Groundon, após isso foram criados os quatro Regigigas, e eles juntos moveram os continentes e modelaram a Terra.
Dialga que é a responsável por criar e controlar o tempo criou Celebi para controlar a natureza e seu tempo, dando a ele a capacidade de viajar no também para poder auxiliá-la, Palkia que é responsável por controlar o espaço criou Jirachi para atender desejos e preces, e deu a ele a capacidade de modificar e distorcer espaço.
Arceus então viu que os seres humanos eram muito diferentes, alguns eram maus e outros bons, então criou Cressilia para levar sonhos, esperanças e recompensas a pessoas boas e criou Darkai para levar pesadelos, tragédias e castigos a pessoas más.
Giratina era muito violento, não obedecia Arceus e muito menos os humanos, e devido seu comportamento maligno Arceus o baniu para o Mundo Reverso, um mundo totalmente contrário do nosso, Giratina por ser o único habitante de lá se intitula o dono do mundo reverso.
Arceus para evitar que a Terra sofra com muitos desastres e acabe caindo no caos e destruição criou Heatran para controlar o núcleo da Terra e os vulcões.
Arceus também criou Lugia e Ho-Oh para trazerem prosperidade e paz ao mundo, os dois viviam em torres nos lados opostos de um mesmo continente, assim como Kyogre e Groundon eles entraram em guerra um querendo, o território do outro, durante a batalha um raio cai na torre de Lugia que entrega seu território e vai para os mares.
Da torre de Lugia que havia sido destruída, Ho-oh fez surgir três Pokémon: Raikou, o raio que caiu sobre a torre, Entei, o fogo que queimou a torre e Suicune, a chuva que apagou o fogo, por Suicune ser a chuva que apagou o fogo ele foi odiado por Ho-Oh, os Pokémon conhecidos como os 3 cães lendários partiram em uma viagem sem fim pelo mundo. Lugia encontrou então 4 ilhas e assim como Ho-Oh, criou 3 Pokémon, os 3 Pássaros Lendários, Articuno para a ilha do gelo, Zapdos ara a ilha do raio e Moltres para a ilha do fogo, a quarta e maior ilha, conhecida como Ilha Shamuti virou a morada de Lugia.
Arceus então criou Latios e Latias dois pokémon irmãos, e os deu a missão de serem os guardiões do infinito, Latios e Latias só aparecem para os seres humanos de coração puro.
Arceus, percebendo que Celebi criado por Dialga, tinha um trabalho muito difícil protegendo a natureza criou Shaymin para ajudar Celebi, então Shaymin e Celebi puderam proteger a natureza de todas as eras.
Arceus criou Manaphy para ser o príncipe dos mares e ajudar Kyogre e Lugia, Manaphy então concebeu um filho Phione.
Arceus criou então Kyurem reponsável pelo (Ying e Yang) porem Kyurem percebendo que seria difícil controlar os dois lados de um mesmo espirito se divide em dois, Reshiram (ying) e Zekrom (yang) para representarem o equilíbrio espiritual, mas Kyurem era tão poderoso que mesmo após se dividir em dois sua alma volta para a casca vazia de seu corpo dando a ele novamente a existência como Kyurem ficando ele com a responsabilidade de fazer o equilibrio entre Zekrom e Reshiram.
Após isto Arceu cria Xerneas para controlar a vida, Yveltal para controlar a morte e Zygarde para representar a justiça e ser o equilíbrio entre Xerneas e Yvetal.
Arceus criou então Virizion, Cobalion e Terrakion para protegerem a terra junto de Groundon, os pokémon ficaram conhecidos como Os 3 Mosqueteiros, logo após Arceus resolveu criar Keldeo para ajudar os 3 mosqueteiros, tornando ele o 4º mosqueteiro, que mesmo sendo o mais dócil dos 4, é o mais forte.
Arceus também criou Thundurus, Tornadus e Landurus para protegerem o céu junto de Rayquaza.
E então Meloetta foi criada para trazer felicidade a humanos e Pokémon, através da música.
Mewtwo foi criado pela Equipe Rocket na tentativa de uma cópia melhorada de Mew.
Genescect foi criado pela Equipe Plasma para destruir todos os Pokémon tipo inseto, mas ouve uma falha e ele agora protege-os, mesmo sabendo que foi criado para os destruir.
Mewtwo então trava uma batalha com Arceus e numa disputa quase sem fim, os dois percebem que para a batalha terminar ambos teriam de morrer, e em uma espécie de acordo instituído por Mew eles dividem hoje o trono de Deus do Mundo.